Здравствуйте!
Исходя из описанной ситуации, на момент подписания Вами договора займа в компании-работодателе действовал локальный нормативный акт, который регулировал процедуру выдачи займов работникам компании.
Отметим, что согласно ст. 5 ТК РФ локальные нормативные акты работодателя регулируют трудовые и другие, непосредственно связанные с ними, отношения. В то время как договор займа, заключенный между Вами и работодателем, опосредует возникшие между сторонами гражданско-правовые отношения. В действующем гражданском законодательстве отсутствует такое основание для оспаривания гражданско-правового договора (равно как и любого его пункта) как его противоречие положениям локального нормативного акта компании-работодателя.
Поскольку в сфере гражданско-правовых отношений действует презумпция добросовестности и разумности его участников (п. 3 ст. 10 ГК РФ), в случае оспаривания пункта договора займа о погашении выделенных средств Вам придется доказать, что работодатель намеренно и тайно включил в договор займа противоречащий Положению о выдаче займов пункт, чем ввел Вас в заблуждение относительно условий подписываемого договора.
Вместе с тем, более детальный анализ как самой ситуации, так и непосредственно условий договора займа, может быть, позволит Вам найти иные основания для оспаривания требования об уплате имеющейся задолженности.