Здравствуйте.
Требование арендатора о возврате уплаченной им в пользу Вашей организации платы по договору аренды возможно в качестве применения последствий признания данной сделки недействительной. Если арендатор, как Вы указываете, ссылается только на отсутствие у Вас правоустанавливающих документов на здание, то, скорее всего, имеется ввиду признание договора ничтожным на основании ст. 168 ГК РФ (недействительность сделки, нарушающей требования закона) в силу противоречия ст. 608 ГК РФ, которая устанавливает, что право сдачи имущества в аренду принадлежит его собственнику.
Однако, ст. 608 ГК РФ также устанавливает, что арендодателями могут быть лица, управомоченные на сдачу имущества в аренду законом или собственником. В этой связи, Пленум ВАС РФ в п. 10 Постановления от 17.11.2011 № 73 (ред. от 25.01.2013) «Об отдельных вопросах практики применения правил Гражданского кодекса Российской Федерации о договоре аренды» разъяснил судам необходимость учитывать, что применительно к ст. 608 ГК РФ договор аренды, заключенный с лицом, которое в момент передачи вещи в аренду являлось законным владельцем вновь созданного им либо переданного ему недвижимого имущества (например, во исполнение договора купли-продажи) и право собственности которого на недвижимое имущество еще не было зарегистрировано в реестре, также не противоречит положениям ст. 608 ГК РФ и не может быть признан недействительным по названному основанию.
Таким образом, если Ваша организация имела права на здание на момент сдачи помещения в аренду, то отсутствие свидетельства о регистрации не является препятствием для осуществления Вашего права, как собственника, на передачу помещения в аренду. В судебном процессе Вам необходимо будет документально подтвердить основания, по которым Ваша организация являлась собственником здания.
В случае, если права на здание принадлежали на момент заключения договора аренды другому лицу, Вам будет необходимо доказать, что прежний собственник управомочил Вашу организацию на сдачу имущества в аренду.
Кроме того, из ситуации следует, что арендатор фактически пользовался арендуемым помещением, то есть извлекал выгоду из отношений сторон. Согласно правовой позиции Пленума ВАС РФ, изложенной в абз. 6 п. 12 Постановления от 17.11.2011 № 73, иск арендатора о возврате платежей, уплаченных за время фактического пользования объектом аренды по договору, заключенному с неуправомоченным лицом, удовлетворению не подлежит.
Также Вам нужно иметь ввиду следующее обстоятельство. Ваша организация является некоммерческой, поэтому в соответствии с абз. 2 п. 1 ст. 6 ФЗ «О некоммерческих организациях» она вправе осуществлять предпринимательскую деятельность только, если это соответствует целям, для достижения которых организация создана. Поэтому в случае предъявления иска о признании договора аренды недействительным и о возврате полученных сумм, как неосновательного обогащения, Вам рекомендуется представить суду доказательства, подтверждающие соответствующее целевое использование полученной от договора прибыли.