Добрый день! Такой работник имеет право на отпуск по по беременности и родам и на отпуск по уходу за ребенком с соответствующими выплатами в силу статей 255 и 256 Трудового Кодекса РФ.
О том, как будет решаться вопрос, когда оба работника выйдут на работу, читайте по ссылке http://pravo.ru/faq/view/623/ (на аналогичный вопрос мы уже отвечали).
Также стоит отметить следующее: если основной работник вернется на работу в период беременности работника, с которым был заключен срочный трудовой договор на время исполнения обязанностей отсутствующего работника, будет применима ч. 3 ст. 261 ТК РФ, закрепляющая важную гарантию беременным женщинам:
Допускается увольнение женщины в связи с истечением срока трудового договора в период ее беременности, если трудовой договор был заключен на время исполнения обязанностей отсутствующего работника и невозможно с письменного согласия женщины перевести ее до окончания беременности на другую имеющуюся у работодателя работу (как вакантную должность или работу, соответствующую квалификации женщины, так и вакантную нижестоящую должность или нижеоплачиваемую работу), которую женщина может выполнять с учетом ее состояния здоровья. При этом работодатель обязан предлагать ей все отвечающие указанным требованиям вакансии, имеющиеся у него в данной местности. Предлагать вакансии в других местностях работодатель обязан, если это предусмотрено коллективным договором, соглашениями, трудовым договором.