Инвентаризация регулируется Методическими указаниями по инвентаризации имущества и финансовых обязательств, утвержденными приказом Минфина РФ от 13 июня 1995 г. N 49. В соответствии с пунктом 2.8 Методических указаний, проверка фактического наличия имущества производится при обязательном участии материально-ответственных лиц.
Поэтому, пока работник в силу временной нетрудоспособности не работает, Вы не можете провести инвентаризацию.
С другой стороны, нарушить право работника на расторжение трудового договора по собственному желанию Вы тоже не можете, т.к. закон не запрещает работнику подать заявление об увольнении по собственному желанию, находясь на больничном.
Однако в случае обнаружения ущерба, причиненного данным работником, Вы можете обратиться в суд за возмещением и после расторжения трудового договора с ним, т. к. в соответствии со ст. 232 ТК РФ расторжение трудового договора после причинения ущерба не влечет за собой освобождения стороны этого договора от материальной ответственности. В соответствии со ст. 381 Трудового Кодекса РФ индивидуальным трудовым спором признается в т.ч. спор между работодателем и лицом, ранее состоявшим в трудовых отношениях с этим работодателем. В соответствии со ст. 392 ТК РФ работодатель имеет право обратиться в суд по спорам о возмещении работником ущерба, причиненного работодателю, в течение одного года со дня обнаружения причиненного ущерба.